1949年10月11日，李克农被任命为中央情报部部长。
11月12日，毛泽东接受斯大林邀请，决定12月初乘专列前往莫斯科访问。
在专列启程之前，时任公安部副部长杨奇清接到一个神秘电话。
《五星红旗迎风飘扬》电视剧真实地还原了当时的场景：
“喂，我是杨奇清，什么?炸药包，说清楚点。在北京和天津的结合部杨庄车站，那可是毛主席访苏的必经之路啊，这是敌人有计划的行动，请你们在这个地区严防死守，加强警戒，绝不允许有此类事情再发生!”
杨奇清立即派人对铁路沿线进行安检，发现天津杨庄大桥的桥墩上安放着一个炸药包，其当量足以把大桥炸毁。
12月6日晚9时，毛泽东乘坐的编号“9002”专列从北京站徐徐启动。
李克农之子李力在《怀念家父李克农》中写道：一路上，毛主席在车厢里与陪同的干部随便聊天。有一次话题扯到了情报工作方便，父亲便问毛主席：“主席，你知道美国总统每天上班第一件事干什么吗?”毛主席不解地反问：“干什么?”父亲说：“第一件事，就是看当天的情报要点，不然，这一天就不知道该怎么办了。”毛主席一听就笑了，指着父亲说：“好你个克农，原来你想给我上课呀。告诉你，我和他不同，随来随看，不怕多，只怕少，你们有多少就送来吧!这回去莫斯科，我还要和斯大林谈谈你们情报方面的事情呢。”
毛泽东的专列驶出不到两个小时，解放军反特监听台截获了一个从北京发往台北的密电，破译的结果令人大吃一惊。
《五星红旗迎风飘扬》电视剧中有这样一个片段：
公安部侦察科科长曹纯之：“杨副部长，潜伏台给台湾保密局发送的密电破译出来了。”
杨奇清：“上面说什么?”
曹纯之：“毛泽东可能离开北京坐专列前往莫斯科。”
杨奇清：“情况准确吗?”
曹纯之：“准确，毛主席一出发，他们就知道了。”
杨奇清：“看样子这个潜伏台的本领不小啊，他们得知主席访苏的情况，究竟要做什么呢?”
中共隐蔽战线史学者郝在今接受采访时说：“毛泽东出访的消息没有披露，可是国民党的潜伏电台已经把毛泽东要乘火车出访这个情报报给台湾了，这是一个非常危险的动向，这就说明国民党特务可能要炸毛泽东的专列。”
国民党保密局局长毛人凤得知毛主席率团已经出发，便与美国顾问布莱德商讨，一致认为“这是刺杀毛泽东的最好时机!”命令潜伏的“东北技术纵队”，从两翼围追堵截毛泽东的专列，破坏长春14号铁路桥，在哈尔滨市车站埋下定时炸弹。
事关重大，李克农就此事迅速向中央报告，毛主席淡定地说：“苏联我照去不误，这个暗杀的案子那就交给克农同志吧。”
李克农接到任务后，立即成立侦查小组，迅速布置四辆测向车、三部搜索机，24小时的全天候监控、监听。
一周后，解放军反特监听台截获一封密电：“兄台前报取款地址，即日作废，请转知计小姐即移地址。”
潜伏电台回复：“新汇款地点，天津西马路西门北117号内交吴光宇，职处直接有危险，即通知计小姐移址。”
李克农立刻派人前往天津，经过调查，侦察员了解到这个地址是天津一家名叫“忠祥”的棉布庄，近期还收到一笔来自香港的汇款，很快这笔钱被转走了。
杨奇清之女杨清接受采访时说：有一天，咱们公安部截获了台湾保密局一个电报：“0409知悉，接济之款港币2500元已汇出，余款在续汇中”。
侦察员根据银行记录，查到了这笔钱的去向：北京市和平门外梁家园东大院甲7号沈宅，收款人：“计爱琳”。
侦察员立即对沈宅秘密调查。经查，沈宅的主人名叫沈德乾，在周口店中华窑业公司担任总经理，妻子计致玫。计致玫的母亲计赵氏。计致玫的妹妹计采南，没有工作。
侦查小组分析：计致玫35岁，是三个孩子的妈妈，不能称为“计小姐”。计赵氏，年龄较大，也不能称为“计小姐”。计致玫的妹妹计采南，此人身份不明，最有可能是那个取款的“计爱琳”、“计小姐”。
计采南，大约二十七八岁，身材修长苗条，圆脸尖下巴，嘴抹口红，耳垂耳环，烫着时髦的卷发，打扮大方、妆容精致，经常穿着入时的小西装，时而着翻毛大衣，时而着靓丽的旗袍，脚瞪一双亮闪闪的高跟鞋，俨然一副十足的贵妇模样。但奇怪的是她赋闲多年，也没有成家，哪来的经济来源维持如此阔绰的生活呢?
在跟踪监视计采楠的过程中，解放军反特监听台又截获破译了一封密电：“局座(保密局局长毛人凤)有令，0409此次发送的情报价值极高，立下了大功。现对0409予以嘉奖，职务由少尉破格提升为少校”。
侦察员对计采南调查发现，她有个哥哥叫计兆堂，已经逃往台湾，还有个弟弟，叫计兆祥，下落不明。
侦察员马上将这个情况报给李克农。李克农听到“计兆祥”名字时，心中“咯噔”了一下。
原来，他们曾破获国民党的一个潜伏组织，据抓获的特务供述，特务头子毛人凤在撤离之前，在北平留下一部秘密电台，掌握这部电台的人正是计兆祥。
计兆祥，又名计旭，1926年出生，1948年毕业于国民党北平特警训练班，曾在国民党国防部二厅北平绥靖总队任报务员。1948年冬，北平解放前夕，计兆祥潜伏，一人身兼发报人、译电员、情报员和台长，被称为“万能潜伏台”，深得毛人凤的信任。
经过侦查，计兆祥居住的鼓楼大街豆角胡同原是国民党宪兵司令部所在地，解放后被公安机关接收，为防止暴露身份，他搬到了距离王府井不远的南河沿磁器库胡同南岔7号院。
侦察员对南岔7号院的住户进行暗中调查，发现一租户名叫计旭，1949年12月在此租住，但不知道从何处迁来。
侦察员对照计兆祥和计旭的户籍，感到有些蹊跷。为进一步了解计旭的情况，暗访了该院的房东，发现两处疑点：一是计旭入住后电费猛涨，二是计旭一家入睡很晚。
为了取得证据，侦察员夜间潜入大院对计兆祥家的用电情况进行测量，发现计兆祥家的用电量比同一大院同等条件的人家高出好几倍。计兆祥家里电量增加的时间，还有屋里灯光闪烁的时间，以及敌台发报的时间，高度吻合，由此判断，电台可能在计兆祥家中。
1950年2月26日7时35分，天刚蒙蒙亮，一辆辆北京公安牌照的吉普车驶进了磁器库南岔7号院。公安人员迅速冲到计兆祥居住的房内将其抓捕。
《五星红旗迎风飘扬》电视剧中有这样的镜头：
计兆祥：“解放军同志，你们这是干什么呀?”
侦察科科长曹纯之：“计兆祥，把你的电台交出来!”
计兆祥：“电台?什么电台啊!”
曹纯之：“搜!”
曹纯之：“小郭，看见(天花板)牡丹了吗?把它给我摘下来。”
经过搜查，公安人员在天花板顶棚上搜出一部美式SST-1-E型25瓦电台和计兆祥的委任状，在沙发里搜出了一支上膛的美式左轮手枪，在床头柜里发现了密码本、收发底稿及其他相关证物。
此次行动抓捕了主犯计兆祥和从犯计采南等12人。
同时，公安人员对北京和平门外梁家园东大院甲7号及天津的相关嫌疑人的抓捕也顺利完成。
在公安人员的严厉审讯和铁一般的证据面前，计兆祥承认自己是代号“0409”军统特务并如实交代了罪行。
从1949年2月到1950年2月26日，计兆祥与毛人凤先后发报215次，收发报文稿字数达3万余字，其中一个情报令在场的人感到十分震惊：
1949年5月4日上午7时30分，国民党空军6架飞机轰炸北平南苑机场，投弹30枚，炸毁我军飞机4架，死伤达24人，此次轰炸的情报提供者正是计兆祥。
李力在《怀念家父李克农》中写道：在抓捕计兆祥的现场，父亲与曹纯之仔细地查看了各种罪证，然后走到吓得发抖的计兆祥面前，和颜悦色地说：“你不要怕，我是来看你计兆祥发报技术的。就用你这架电台，呼叫台湾保密局毛人凤。我说话，你发报。你看如何”。计兆祥赶紧表示：“愿意效劳!愿意效劳!”
远在台湾的毛人凤此时正在期待着计兆祥的好消息，他万万没有想到，这个时候他的老对手李克农送给他一份“秘密礼物”：
“毛人凤，由你精心策划，在中华人民共和国首都北京潜伏的‘万能台’，发报就那么几次，就被我们侦破了。我们有强大的人民专政，有千百万群众参加的反特力量，你们的阴谋是永远也不会得逞的!你们活动到哪里，我们就会在哪里侦破你们。你们如果执迷不悟，来多少，我们就会歼灭多少，保你有来无回。你听着，得人心者昌，失人心者亡。这是不可抗拒的历史规律。你们现在寄人篱下，自以为有帝国主义支持，但好景不会太长。人民政府对你们有国人共睹的政策，立功受奖，既往不咎。你若率部归来，我李克农保证你的安全。”
看到这个电报，毛人凤恼羞成怒，气急败坏地叫道：“李克农啊李克农，老子跟你没完!”
1950年3月4日，毛泽东的专列安全抵达北京，新中国领导人首次外出访问顺利完成。
1950年6月1日，计兆祥被判处死刑、次日执行枪决。同案犯计采南被判处有期徒刑三年。其余从犯由于认罪态度良好并表示愿意悔过，被从轻判处有期徒刑一年，缓刑两年。
6月3日《人民日报》以《破坏革命秩序与人民为敌，蒋匪特务计兆祥判处极刑》为题进行了报道。
该案的破获，打响了新中国成立初期反特战役的第一枪，震慑了妄图颠覆新生政权的敌特分子，令国人振奋。
从来没有带过兵、打过仗的上将李克农，他的情报工作艺术和对中国共产党的卓越贡献将永载史册!