在战乱的战国时代，大名们需要大量的间谍去刺探敌军情报和对敌人城市开展破坏活动，所以忍术在这一时代出现了飞跃性的发展。忍术发达的地区有以下几处：武藏、甲斐、越後、信浓、伊贺、甲贺、纪伊等地区，其中伊贺、甲贺的忍术在日本是最为发达的。伊贺与甲贺离京都很近，地势都属于重山险阻围绕的封闭小盆地。虽然贫瘠，但是在战略上的位置却是十分的重要：因为它们靠近日本的中央近畿地带。在战国时代在伊贺与甲贺的弹丸之地上先后崛起了六十多家土豪。每家的最大兵力不超过50个人，按中国的算法他们充其量就是小股的土匪武装。地盘虽小，这里的竞争却是是超乎外人想像的激烈。土豪们彼此虚情假意的结盟，暗中互相刺探一旦抓住机会就予以对手无情的打击。这两块充满了残忍、狡诈的血腥山地逐渐演化成忍术发展的大本营。伊贺跟甲贺对忍者事业的最大贡献就是对忍术的理论基础和技能作出了系统化，编出了一本忍者的修炼宝典――《万川海集》。虽然流派不同，忍者们修练的经典都是《万川集海》这本书，这本书的内容就是教导忍者如何施行忍术的一切理论基础与技能指导。
1676年，在德川家族第四代将军德川家纲统治下的时代，甲贺隐士藤林保武结合中国和日本历代名将的思想与武学精华，参照《六韬》和《孙子兵法》的内容写成了集忍道、忍术、忍器于一体的忍者究极修行指南。并参照中国古籍《文选・左思・吴都赋》中的“百川派别，归海而汇”思想，将书命名为《万川集海》。正如书名所示，《万川集海》就是海纳百川取各流派精髓的意思。
《万川集海》由正心、将知、阴忍、阳忍、天时、忍器六部分组成。此书成为了后来忍者修行的必读教材。《六韬》和《孙子兵法》是对《万川集海》及忍术整体发展影响较深的两部古代著作，由此也可以看出，这些中国古代的军事武学思想为以后日本忍术的发展壮大奠定了充实的理论基础，这是忍术最早的确源于中国的明证，可以说《万川集海》是日本人学习中国古代军事精华和密术玄学修炼之道后的概括总结。
忍术在日本战国时代盛行一时是因为其极强的实用性。忍术是古代日本忍者所掌握的整套完善的间谍情报技术体系，包括有：追踪、侦察、谍报、保镖、暗杀等多方面的内容。忍者技艺超人，擅长使用剑、钩等各种兵器与飞镖等暗器;他们能飞檐走壁，在沙地上飞跑不发出一点声响;在水中屏息可长达五分钟，如用特殊器具可在水底待上一天一夜;他们善于在水面和水底搏斗，甚至能潜到船底，偷听船上人的对话……这种种的超人技能是通过非人的磨练才能习得的。
忍术和其他武术流派强调体质训练不同，它尤其强调精神上的修炼，并将其整个的训练体系，建立在超乎想象的精神修炼基础上。因为忍者所执行的大多是一去不回的高风险性任务，独自一人在敌人的巢穴中完成任务要克服对死亡、孤独、黑暗乃至于饥饿、寒冷、伤病等诸多困难，所以拥有强大的精神力量，是忍术之所以无坚不摧的真正原因。
2.忍者的残酷道路
作为一名忍者家族的后代，一经降生就必须接受残酷的命运现实――或者成为忍者，或者死。忍者从很小的时候起，就被灌输以对主人绝对忠诚的思想：除了自己的主人，任何人命令都不会听哪怕是日本天皇也不行。一个忍者最大的罪孽就是私自离开自己的村落，这样做的人都是背叛者。他的亲属有义务将他捉拿回去，无论死活。通过从小开始这种精神洗脑而打造出的忍者比任何的宗教信徒都更加狂热，更加无所畏惧。
精神训练：忍者也不是像邪教徒一样的僵尸般的战士，它有着一套切实可行的强大精神力量的训练方法。这种技术才是忍术的秘中之秘，它就是东密的修行。东密和我国的藏密，印度的杂密一样，是佛教中密宗的一个支派，而且东密对于人体念力的开发，向来有着自己独特的传承，在密教界一直以显著快捷著称，忍者通过东密秘法的修习，锤炼自己的意志，精神变得无比纯粹和坚韧，体内的潜能将得到最大限度的开发。可以完全除去心灵的迷惑和恐惧，全神贯注的投入战斗。此外密宗认为人的身体有许多奥秘和潜能，只要通过密宗法门的不懈努力就能使修行者发挥全部潜力，让身体与宇宙沟通达到天人和一的境界，这和忍者追求的极限体术不谋而合。密宗视大日如来为万物之主，极力推崇传承、真言和密咒。我们在一些影视作品或者漫画中经常可以见到忍者做出许多古怪的手势，那便是在表述东密主要修法之一的“九字秘印”：“临、兵、斗、者、皆、阵、列、在、前”这九字真言。