明熹宗天启七年，明熹宗下遗诏皇位由信王朱由检继承，11天后，明熹宗驾崩，朱由检随后即位，即明思宗，年号崇祯。
朱由检登基后，已然感觉到了大明王朝内外的重重杀机，他不敢吃宫中的食物，因为朝廷内外包括他身边的太监和宫女，绝大部分是魏忠贤安排的手下，因此只能偷偷吃自己藏在袖中的饼子。
晚上，少年皇帝甚至命令将大殿和寝宫的蜡烛全部点亮，因为他担心，黑暗处不知道是否藏匿着企图刺杀他的奸贼。
整顿吏治，是新皇帝即将开刀的第一步，而开刀的对象，无疑就是九千岁魏忠贤。
崇祯皇帝朱由检一开始表现得非常隐忍，表面上对魏忠贤毕恭毕敬，暗地里却开始一步步地清除身边的阉党势力。
崇祯先是遣散了身边一些来路不明的人员，然后新选了一些宦官入内侍奉自己。
接着，他又命令魏忠贤的阁臣黄立极辞归乡里，然后又让李朝钦等一帮魏忠贤的心腹以“恳请退休”的方式去职。
魏忠贤感觉不妙，便试探着跟小皇帝朱由检说，要辞去东厂提督一职，但崇祯却故意没有答应，仍然极力“挽留”了“厂公”。
从内到外，崇祯开始层层抽丝剥茧，一点儿一点儿地清除魏忠贤的势力，有条不紊，步步推进，也使得朝中一些投靠魏忠贤的墙头草们发生了分化。
眼看新皇帝可能要清剿朝政，新任的南京通政使杨所修、吏科都给事中陈尔翼揣度着小皇帝的意思，于是上疏弹劾魏忠贤的老部下、兵部尚书崔呈秀，但崇祯对此暂时压了下来。
不久，原来跟随魏忠贤却没有受到重用的云南道御史杨维垣也连连上书，继续弹劾崔呈秀，由此掀开了一场朝臣攻击魏忠贤势力的舆论风暴。
崇祯的策略是，他自己看似不动，暗地里却鼓励那些反对魏忠贤的朝臣们，以及利用魏忠贤原来的心腹们，来发起一场讨伐魏忠贤罪孽的运动。
而那些多年来被魏忠贤一党压制迫害的东林党人和民众们，也纷纷开始爆发了，大量的奏疏如雪片般纷纷进呈，其中贡生钱嘉徵更是上疏历数魏忠贤有“并帝”“蔑后”“弄兵”等十大罪。
崇祯读了心里为之震动，随即召来魏忠贤，让侍者一条条读给魏忠贤听，并且每读一句，就斥问魏忠贤：“这是在说什么?”弄得魏忠贤只能跪在地上不停磕头，不知如何辩解。
魏忠贤心里大惧。
原本，魏忠贤就是个不识字、没文化的街头混混，中年无奈被迫自宫当太监，没想到因为勾搭上了明熹宗的奶妈，乃至飞黄腾达。权力来得太快，他心里并没有多大的准备，因此对于皇权，他始终还是有着畏惧心理的，这一番崇祯皇帝的步步夺权、紧逼，使得魏忠贤不由得手足无措，不知如何是好。
于是，魏忠贤紧急找到崇祯皇帝身边的老太监徐应元，请求他代为向崇祯求情，并假装要告罪辞职。
没想到的是，崇祯却顺水推舟，批准了魏忠贤辞职，并迅速任命自己的手下控制了东厂、锦衣卫以及京城中的巡防等要职，并将兵部尚书崔呈秀等魏忠贤的党羽逮捕下狱，罢免了阉党势力的工部尚书吴淳夫等人官职，由此迅速掌握了朝中大权。
仅仅登基才两个多月的崇祯皇帝下发诏书称，魏忠贤罪状，朝廷早已掌握清楚，魏忠贤培植私党，盗取国家权力，作威作福，难以枚举，本应当凌迟处死，但念熹宗皇帝的灵柩还没有出殡，暂且将魏忠贤发配到安徽凤阳，将他的党羽们都罢官发配。
至此，魏忠贤也被吓破了胆。
眼看这位十六岁的小皇帝雷厉风行，三个月间便将实权渐渐掌握，而自己的党羽则被贬的贬、被抓的抓，魏忠贤心生畏惧，于是乖乖地带着几百个随从，赶紧照着小皇帝的指示，朝着安徽凤阳的明帝国祖陵开拔前进了。
但崇祯并未饶过他。
随后崇祯又下令，让锦衣卫前往追击魏忠贤，并准备将他逮捕回京继续问罪。得知消息的魏忠贤知道难逃一死，在行到河北阜城时，便和同伙一起在旅店中喝酒痛饮到半夜四更，然后上吊自杀。
至此，在大明朝廷呼风唤雨达七年之久的“九千岁”魏忠贤，在短短三个月时间，便宣告身败覆灭。