各国的国旗，虽然也有采用天象、动物、王冠等等图案，但是用色彩作符号的占多数。法国三色旗，说是自由、平等、博爱三大主义的符号，是最彰明较著的。我国国旗用五色，说是表示五族共和，也是这一类。我们现在所定的校旗，右边是横列的红、蓝、黄三色，左边是纵列的白色，又于白色中间缀黑色的北大两篆文，并环一黑圈，这是借作科学、哲学、玄学的符号。
我们都知道，各种色彩，都可用日光七色中几色化成的。我们又都知道，日光中七色，又可用三种主要色化成的。现在通行三色印刷术，就是应用这个原理。科学界的关系，也是如是。世界事物虽然复杂，总可以用科学说明他们;科学的名目，虽然也很复杂，总可以三类包举他们。那三类呢?第一，是现象的科学，如物理、化学等等。第二，是发生的科学，如历史学、生物进化学等等。第三，是系统的科学，如植物、动物、生理学等等。我们现在用红、蓝、黄三色，作这三类科学的符号。
我们都知道，白是七色的总和，自然也就是三色的总和了。我们又都知道，有一种哲学，把种种自然科学的公例贯串起来，演成普遍的原理，叫作自然哲学。我们又都知道，有几派哲学，把自然科学的原理，应用到精神科学，又把各方面的原理统统贯串起来，如英国斯宾塞尔氏的综合哲学，法国孔德氏的实证哲学，就是这种哲学，可以算是科学的总和。我们现在用总和七色的白色来表示他。
但是人类求知的欲望，决不能以综合哲学与实证哲学为满足，必要侵入玄学的范围。但看法国当实证哲学盛行以后，还有别格逊的玄学，很受欢迎，就可算最显的例证了。玄学的对象，叔本华叫他作“没有理解的意志”;斯宾塞尔叫他作“不可知”;哈特曼叫他作“无意识”。道家叫作“玄”;释家叫作“涅”。总之，不能用科学的概念证明，全要用玄学的直觉照到的，就是了。所以我们用没有颜色的黑来代表他。
大学是包容各种学问的机关，我们固然要研究各种科学;但不能就此满足，所以研究融贯科学的哲学;但也不能就此满足，所以又研究根据科学而又超绝科学的玄学。科学的范围最广，哲学是窄一点儿，玄学更窄一点儿。就分门研究说，研究科学的人最多，其次哲学，其次玄学。就一人经历说，研究科学的时间最多，其次哲学，其次玄学。所以校旗上面红、蓝、黄三色所占的面积最大、白次之，黑又次之。
这就是国立北京大学校旗所以用这几种色，而这几种色所占面积又不相同的缘故。