这样，依靠“过去的糟”来凸显“现在的好”这个中国奇迹的第一阶段便落下帷幕。依靠市场化与计划科学化双重增益提高效率、靠走出“负帕累托”实现相对公平的帕累托改进，这样无论在效率还是公平方面似乎都“无代价”的改革，已经近于尾声。
靠什么降低“交易成本”?
1992年改革“第二阶段”起步后，形势已经发生变化：一方面，苏联东欧体制的相继崩溃使得“计划经济”声誉扫地，在我国本来就先天不足的“计划科学化”也失去了进一步发展为主导机制的可能。市场经济逐渐成为明确的发展方向。另一方面，1990年后建立的体制成功地排除了左右两边的“争论”，也在很大程度上消除了许多利益群体的博弈能力。中国这个“命令经济大家庭”在“父不慈子不孝”的状态下，“是否分家”的争论逐渐淡出，而“如何分家”的争论则被压制，于是用一些经济学家的话说，“体制变革的交易成本”大大降低了。
这里应该指出，西方经济学中所谓的“降低交易费用”，是指保证各方交易(讨价还价)权利前提下，以整合契约的方式减少交易费用，而不是用剥夺一些人讨价还价权利的方式为另一些人降低“费用”(用科斯的话说，就是用自由契约的企业，而不是用奴隶制来降低“交易费用”)。或者说，它是要降低全社会为维持交易体制而付出的总费用，而不仅仅是用压制一部分人的办法为另一些人节省“出价”。但是在我们这里，“交易成本”理论的运用往往变形。
不过无论是否合乎原意，在我国既有制度约束下，这样的“降低交易成本。”
的确是“中国奇迹”在1992年后重新出现，乃至进一步发展的奥秘所在。如前所述，民主转轨的东欧国家尽管在市场经济转轨中的“渐进”“激进”情况不一，但是都做不到我们这样的“降低交易成本”。不管是左派还是右派主导，转轨时期在他们那里常见的景观是：“民主分家麻烦大，福利国家包袱多，工会吓跑投资者，农会赶走征地客。”这种“东欧困境”与“中国奇迹”形成了鲜明的对比。
于是，从1992年开始的第二波改革，其基本特点有二：其一是改革的帕累托改进色彩不复存在;其二是“在市场化进程中以集权降低制度转换的交易成本”成为“奇迹”的主要原因。
这个时期通过几次重要的大会，主流理论已从20世纪80年代的“计划经济为主、市场调节为辅”改变成“放弃计划经济，建立市场经济”。通过价格并轨而基本实现了产品价格的市场化。在“现代企业制度”的名义下，我国的大批企业从承包制到“明晰产权”、“置换身份”，在“掌勺者私占大饭锅”色彩浓厚的背景下完成了“转制”与“重组”。反思改革开放30年，客观上呈现出如下特点：
与民主转轨国家一般都先搞民主私有化、后搞重组“增效”相反，我国一般都在产权改革之前先用国家权力来排除工人的讨价还价，实现了“减员增效”，避免了私家老板裁员要克服工会阻挠的尴尬;然后已完成减员的企业才脱去“国有”帽子，恰在这时出台的“就业优先”(只要不继续裁员可以不计较资产卖价)客观上给规避市场经济中正常的公开竞价机制，为“能人”以内定价格“置换”资产创造条件创造了空间。于是想裁的工人都裁了，要送的资产也都送了。
如此交替呈现的“科斯主义”和“凯恩斯主义”，加上仇和式的铁腕，就比许多民主转轨国家更顺利地完成了大批企业的产权改革，而且据说“交易费用”很低。产权改革配合“招商引资”，使投资日益强劲，经济日趋繁荣。
与此同时，农村改革又先行一步：19961998年间主要采用管理层购买方式基本完成了“乡镇企业转制”。在多数农村，那些老百姓无法监督，因而也难以公平分配的“公产”已经被不明不白地瓜分完毕，只剩下摆在光天化日之下、无法盗窃和隐藏，但却最便于公平分配的土地，却一直保持“公有”而不能落实为农民的财产，而客观为后来提供了以备将来“圈地”之便。同时，1994年开始的分税制改革强调财政上中央集权但不集责，出现所谓“财权上收，事责下放”的趋势。一方面上级财政的“汲取能力”迅速扩大，国家得以“锦上添花”强化投资，大城市基础设施日新月异，另一方面基层教育、医疗等公共品供应出现短缺，尤其以农村为甚，而在维持“事责”的名义下，农民负担却日益加重，以至出现“农村真苦，农民真穷，农业真危险”的呼声。这样改革初期农民“失去的只是锁链”的情况明显地逆转，农民成为新一轮发展中主要的受损者。尽管高层注意到农民问题的严重性，并且下了大决心，通过2003年以后的免税改革减轻了农民负担，但是方兴未艾的“圈地运动”又成为农村紧张的新土壤。