《大秦景教流行中国碑》刻立六十多年后，唐武宗灭佛，佛教遭遇了空前的“会昌法难”。受此连累，景教教堂也被摧毁，《大秦景教流行中国碑》遂湮没无闻。
时间又过了近八百年，《大秦景教流行中国碑》在明代天启五年(1625年)初春出土于西安城西崇仁寺(金胜寺)附近，此地即当年唐长安大秦寺旧址，故碑被就近安置在崇仁寺内。这座寺院是当时西安最大的佛寺，明成化年间曾大举修缮，把它作为秦王府的香火院。现为空军西安基地(希尔顿大酒店斜对面)所在，在西安城墙玉祥门外四五里处。
出土三百多年来，海内外学人就该碑的真伪、性质、出土的时间、地点，从语言学、神学，特别是宗教史学的角度，对该碑的内涵做了大量研究和解读。一碑之研究竟至汗牛充栋，足以称“前无古人，后无来者”。
国人对该碑的研究，最早可溯至耶稣会的信徒李之藻(1565年-1630年)，徐光启(1562年-1633年)亦著《景教堂碑记》和《铁十字箸》，试图从天主教的角度来解读该碑。有的学者如清代大儒钱润道，指出该碑为明时中国习利玛窦的教徒的伪撰，“以夸张其教”。十八世纪法国启蒙运动者伏尔泰(Voltaire)也持类似观点。清末洪钧(1839年-1893年)的《元史译文证补·景教考》已把景教确认为入华的聂斯脱利派并介绍了西人对“聂斯脱利”与景教碑的研究。
二十世纪前，西方的研究者以来华的基督教传教士，尤其是耶稣会士为主。尽管景教在中世纪不过是基督教的异端，但该碑的出土对他们来说，可谓如获至宝，因为其无疑证明了基督教在华之源远流长。他们很快将碑文译成多种欧洲文字，并着手解读该碑的叙利亚文部分。
《大秦景教流行中国碑》出土两百多年，一直在崇仁寺中。清咸丰九年(1859年)，在陕西做官的杭州人韩泰华访碑至此，庆幸碑刻字画完好，更造碑亭以保护，并于碑石左侧刻题：“后一千七十九年咸丰己未，武林韩泰华来观。幸字画完整，重造碑亭覆焉。惜故友吴子苾方伯不及同游也，为怅然久之。”
韩泰华，字小亭，浙江仁和(杭州)人。清道光间官兵部郎中，至陕西粮道(正四品)。富藏古籍书画，有元人集百余种，皆传钞精本。咸丰元年(1851年)，刊《玉雨堂书画记》四卷，载从唐至明80余种书画。晚年客居金陵。尚有《无事为福斋随笔》行世。
“武林”乃杭州旧称。一般认为，武林山即今灵隐、天竺一带群山的总称，这很可能是杭州古称武林的由来。“武林”又称“虎林”，据传唐朝为避高祖李渊爷爷李虎之讳而改“虎林”为“武林”。
“吴子苾方伯”即曾任陕西布政使的清末大名鼎鼎的金石学家吴式芬。“方伯”乃古代诸侯中的领袖之称，谓一方之长。《礼记·王制》载“千里之外设方伯”，明、清时“方伯”用作对布政使(职责类似于今天的常务副省长)的尊称。
吴式芬(1796年-1856年)，字子苾，海丰(今山东滨州无棣)人。清道光进士，精考订，富收藏。咸丰元年(1851年)五月由贵州布政使改任陕西布政使。次年正月，抵达西安履新，八月兼署按察使。咸丰四年(1854年)二月，束装北上京师，九月，补授鸿胪寺卿，十月授浙江学政。
韩泰华来观《大秦景教流行中国碑》时，他所敬重的老上级和友人吴式芬已经离开陕西五年了，看到古碑的欣喜和友人不在的怅然反映了文人间的惺惺相惜，令人感动。
不幸的是，韩泰华建亭才过三年(同治元年)，太平军陈得才部由商洛入陕，与当地人民发生争斗，碑亭与寺院俱被烧毁，遂使此碑曝露旷野。据说后来消息传到北京，驻京的外国使节请求总理衙门设法保护此碑，并捐款100两银子给西安另建碑亭。但该款项到达西安时，几经克扣，只剩下5两。碑亭自然建不成了，最后只好“筑一瓦轮以覆盖之”。
1907年5月，丹麦人何乐模(Holm)抵达西安，计划出银3000两买通寺僧，将此碑运往国外，并雇石匠用相同的石料重刻一碑以代原石。9月，复制《大秦景教流行中国碑》已经完成，何乐模再度来到西安，就在其秘密商议搬运之际，消息走漏，地方当局出面制止。擅长英语的陕西高等学堂教务长王猷担当折冲之任，与何乐模交涉，终解除密约，只允许他将复制碑石运走。